In der darauf folgenden Saison 2012/13 zog der BVB erstmals seit 1997 wieder in das Finale der Champions League ein. Auf dem Weg dorthin gab es unter anderem ein spektakuläres Viertelfinale gegen den FC Malaga (0:0 und 3:2) als man im Rückspiel nach 90 Minuten mit 1:2 hinten lag und dann in der Nachspielzeit noch die beiden benötigten Treffer erzielte. Ebenso herausragend das 4:1 im Halbfinal-Hinspiel gegen Real Madrid als Robert Lewandowski alle 4 Treffer erzielt. Auch wenn man dann im Rückspiel (0:2) kurz vor dem Ausscheiden stand.
Im Finale in Wembley kam es gegen Bayern München dann zum ersten deutschen Finale in der Champions League welches Arjen Robben 2 Minuten vor Schluß für den FC Bayern entschied (1:2).
Neben dem Fußball engagiert er sich mit seiner 2012 gegründeten Neven Subotic Stiftung für Sanitäranlagen- und Brunnenbauprojekte in Äthiopien, Kenia und Tansania. Vom Europäischen Parlament wurde seine Stiftung für ihr Engagement mit dem Silver Rose Award 2019 ausgezeichnet. Neven Subotic wurde zudem im September 2022 mit dem Verdienstorden der Bundesrepublik Deutschland ausgezeichnet.
Vor seinen Titelgewinnen erhielt er die erste Auszeichnung bereits 2009 für den Fußballspruch des Jahres: „Er muss ja nicht unbedingt dahin laufen, wo ich hingrätsche.“
Die erfolgreichste Zeit als Spieler hatte er Mitte der 1980er-Jahre. Mit Bayer Uerdingen gewann er 1985 überraschend im DFB-Pokal-Finale mit 2:1 gegen Bayern München und holte somit seinen einzigen Pokal als Spieler.
Durch diesen Pokalsieg qualifizierte sich Bayer Uerdingen erstmals für die Teilnahme am Europapokal der Pokalsieger wo es in der folgenden Saison zum "Wunder von der Grotenburg" kam. Im Viertelfinale wurde das Hinspiel bei Dynamo Dresden mit 0:2 verloren, und im Rückspiel im Grotenburg-Stadion stand es zur Halbzeit 1:3 gegen Bayer. In der zweiten Halbzeit drehte Uerdingen dann nicht nur dieses Rückspiel, sondern zog nach 6 Toren in Folge durch das 7:3 sogar ins Halbfinale ein. Dort unterlag man zwar Atletico Madrid (0:1 und 2:3), aber das Viertelfinal-Rückspiel wurde von der Zeischrift "11 Freunde" zum "größten Fußballspiel aller Zeiten" erkoren.
In seiner letzten Saison bei Bayer Uerdingen 1989/90 trainierte er bereits seinen ehemaligen Jugendverein VfR Neuss und übernahm 1991 dann den Chefposten bei Bayer Uerdingen. Nach 5 Jahren wechselte er zu MSV Duisburg und später zu einigen weiteren Bundesligisten wie 1.FC Köln, Eintracht Frankfurt, Hertha BSC und VfL Bochum.
Er ist bis heute der erfolgreichste Trainer der Zweiten Bundesliga da er mit seinen Clubs insgesamt 6 Mal den Aufstieg in die erste Bundesliga schaffte. Zudem stand er mit seinen Teams 2 Mal im DFB-Pokalfinale, verlor aber sowohl 1998 mit dem MSV Duisburg (1:2 gegen Bayern München) als auch 2006 mit Eintracht Frankfurt (0:1 gegen Bayern München).
Bei der Wahl zum Fußballtrainer des Jahres wurde er 2019 Zweiter hinter Jürgen Klopp der in diesem Jahr mit dem FC Liverpool die Champions League gewann.