Von 1998 bis 2002 spielte er erneut für den FC Bayern und gewann 2000 erneut den DFB-Pokal sowie 3 Meistertitel in Folge von 1999 bis 2001. Nach dem verlorenen Champions League Finale 1999 (1:2 gegen Manchester United) gewann er mit den Münchnern 2001 sowohl die Champions League (1:1 nach Verlängerung, 5:4 im Elfmeterschießen gegen FC Valencia) als auch den Weltpokal (1:0 nach Verlängerung gegen Boca Juniors).
Sein Debut in der Nationalmannschaft gab er 1991 und wurde 1992 bei der EM ins All-Star-Team gewählt. Während der WM 1994 wurde er von der Nationalmannschaft ausgeschlossen und erst 1998 nach der WM gab es einen Comebackversuch der jedoch nicht aufging.
Im Fernsehen war er unter anderem als TV-Experte bei der ARD sowie in der Fußball-Talkshow Doppelpass zu sehen.
Im gleichen Jahr wurde er mit Borussia Dortmund Deutscher Meister durch ein 3:1-Erfolg im Finale gegen den 1.FC Köln. Nach dem Gewinn des DFB-Pokals 1965 (2:0 gegen Alemannia Aachen) wechselte er zum TSV 1860 München und wurde direkt in der ersten Saison erneut Deutscher Meister.
1967 wechselte er trotz Angeboten von Inter Mailand und Real Madrid in die Schweiz zum FC Winterthur und später zum FC Zürich. 1971 übernahm er dort das Traineramt und wurde 3 Mal Schweizer Pokalsieger (1972, 1973 und 1976) sowie ebenfalls 3 Mal Schweizer Meister (1974 - 1976). Nach Siegen u.a. über die Glasgow Rangers (1:1 und 1:0) und Dynamo Dresden (2:1 und 2:3) scheiterte er 1977 im Europapokal der Landesmeister erst im Halbfinale am späteren Sieger FC Liverpool (1:3 und 0:3).
Weitere Trainerstellen waren unter anderem bei Young Boys Bern, Grashoppers (mit denen er 1982 erneut Schweizer Meister wurde), Bayer Uerdingen und Borussia Dortmund.
Timo Konietzka verstarb am 12. März 2012 in der Schweiz.