Er gewann 1989 mit der U16 die Europameisterschaft und 1991 die Junioren-Weltmeisterschaft. Die Krönung sollte eigentlich die Europameisterschaft 2004 im eigenen Land werden, aber Portugal verlor das Finale gegen den krassen Außenseiter Griechenland überraschend mit 0:1.
Er begann seine Profikarriere bei Sporting Lissabon mit denen er 1995 portugiesischer Pokalsieger wurde. Er spielte dann von 1995 bis 2000 beim FC Barcelona ehe er für die damalige Rekordsumme von 58.2 Millionen Euro zum Rivalen Real Madrid wechselte.
Auch dort blieb er 5 Jahre und wechselte dann nach Italien zu Inter Mailand wo er 2009 seine Karriere beendete. Neben seinem portugiesischen Pokalsieg gewann er 1997 den Europapokal der Pokalsieger und je 4 Mal die spanische und die italienische Meisterschaft sowie 2 Mal den spanischen und ein Mal den italienischen Pokal.
Nach der Hochzeit mit ihrem ersten Trainer Thomas Meyer trug sie bis zu ihrer Scheidung 2008 den Nachnamen „Theune-Meyer“.