Nach seinen 5 Jahren beim SC Freiburg wechselte er zu Werder Bremen und später zum VfB Stuttgart. 1999 gewann er mit Werder Bremen den DFB-Pokal als sie im Finale den FC Bayern nach 1:1 nach Verlängerung im Elfmeterschießen mit 5:4 bezwingen konnten. Mit dem VfB Stuttgart gewann er 2 Mal den UI-Intertoto-Cup: 2000 (im Finale 2:0 und 1:1 gegen AJ Auxerre) und 2002 (0:1 und 2:0 gegen OSC Lille)
Mit den Bayern wurde er 1 Mal DFB-Pokalsieger (1971 2:1 nach Verlängerung gegen den 1.FC Köln), 3 Mal deutscher Meister (1972 - 1974) und gewann 3 Mal in Folge den Europapokal der Landesmeister (1974 - 1976). Bereits mit 27 Jahren musste er seine Karriere aufgrund eines irreparablen Knorpelschadens beenden.
So wechselte er am 1. Mai 1979 in das Management des FC Bayern München und leitete so mehrere Jahrzehnte den Verein, später als Präsident und Aufsichtsratsvorsitzender. Er trieb auch den Bau der Allianz-Arena voran die 2005 in Betrieb genommen wurde. Am 2. Juni 2014 trat er seine Haftstrafe wegen Steuerhinterziehung an wo er am 29. Februar 2016 vorzeitig entlassen wurde.
Bei der Weltmeisterschaft 1966 in England war Eusébio der überragende Spieler des Turniers. Mit neun Toren wurde er Torschützenkönig und hatte damit erheblichen Anteil am dritten Platz Portugals.
Er spielte 15 Jahre für Benfica Lissabon und machte diesen Zeitraum zum erfolgreichsten des Clubs. 11 Mal wurde er portugiesischer Meister, 5 Mal Pokalsieger und 1 Mal gewann er den Europapokal der Landesmeister: 1962 bezwang er mit Benfica im Finale Real Madrid mit 5:3 als er beim Stande von 3:3 die letzten beiden Tore erzielte.