Mit der österreichischen Nationalmannschaft scheiterte sie bei der EM 2017 im Halbfinale erst im Elfmeterschießen an Dänemark (0:3 im Elfmeterschießen, 0:0 nach Verlängerung)
In den folgenden 8 Jahren gewann er mit dem FC Bayern 4 Mal das Double aus Meisterschaft und DFB-Pokal (2000, 2003, 2005 und 2006) und schaffte von 1999 bis 2001 den Meisterschafts-Hattrick. Zwei Mal stand er mit den Münchnern im Finale der UEFA Champions League. Nach der Niederlage gegen Manchester United 1999 (1:2) gewann er den Titel 2001 gegen den FC Valencia (1:1 nach Verlängerung, 5:4 im Elfmeterschießen). Im gleichen Jahr gewann er dann auch den Weltpokal.
Für die deutsche Nationalmannschaft bestritt er 55 Länderspiele, unter anderem das verlorene WM-Finale 2002 gegen Brasilien (0:2).
Auch bei Werders erstem deutschen Meistertitel 1965 war er Stammspieler in der Abwehr. Im gleichen Jahr gab er auch sein Länderspieldebüt für die deutsche Nationalmannschaft. 1968 wurde er mit Werder Vize-Meister und beendete dort auch seine Spielerkarriere 1972. In seiner letzten Saison hatte er schon für einige Monate den Trainerposten beim SV Werder übernommen.
Ab Sommer 1972 war er dann 3 Jahre als Trainer für Werder Bremen verantwortlich. Nach einer Saison bei Fortuna Düsseldorf wurde er 1976 Nationaltrainer Haitis wo er als Gruppenzweiter hinter Mexiko nur knapp die Qualifikation zur WM 1978 verpasste. Nach einem Jahr beim Zweitligist FC St. Pauli wurde er im Juli 1979 dänischer Nationaltrainer.
Die Qualifikation zur WM 1982 wurde zwar verpasst, aber u.a. mit dem 3:1-Sieg gegen den späteren Weltmeister Italien konnte Dänemark einen Achtungserfolg erzielen. Für die EM 1984 gelang dann die Qualifikation als man sich gegen England u.a. durch ein 1:0-Auswärtssieg im Wembley-Stadion durchsetzte. Nach überstandener Gruppenphase musste man sich erst im Halbfinale Spanien im Elfmeterschießen (4:5, 1:1 nach Verlängerung) geschlagen geben.
In den folgenden Jahren erhielt Piontek Angebote von Top-Clubs wie Tottenham Hotspur und Real Madrid die er alle ablehnte. Stattdessen führte er Dänemark erstmals zur Teilnahme an einer Fußball-Weltmeisterschaft. Nacheinander besiegte man bei der WM-Premiere 1986 Schottland (1:0), Uruguay (6:1) und schließlich den amtierenden und späteren Vize-Weltmeister Deutschland (2:0). In der KO-Phase musste man sich allerdings direkt im Achtelfinale erneut Spanien geschlagen geben.
Auch für die EM 1988 in Deutschland gelang erneut die Qualifikation, scheiterte dann aber bereits in der starken Vorrundengruppe mit Deutschland, Italien und Spanien. Nach der verpassten Qualifikation zur WM 1990 gab Piontek bekannt, seinen auslaufenden Vertrag nicht zu verlängern.
In den folgenden Jahren führte er unter anderem Aalborg BK in die Champions League und war Nationaltrainer der Türkei und Grönlands ehe er 2004 seine Trainerkarriere beendete.