Im Europapokal der Pokalsieger schaltete der BVB nacheinander ZSKA Sofia (3:0 und 2:4), Atletico Madrid (1:1 und 1:0) und West Ham United (2:1 und 3:1) aus und stand so im Finale im Glasgower Hampden-Park. Als Gegner qualifizierte sich der von Bill Shankly trainierte FC Liverpool.
Nach einer guten Stunde traf Siggi Held zum Führungstreffer für den BVB den die Reds allerdings bereits 6 Minuten später ausgleichen konnten. In der Verlängerung war es dann der einzigartige Reinhard 'Stan' Libuda der auf unnachahmliche Weise den goldenen Treffer erzielte.
Auch im Finale zeigte er erneut großartige Paraden, in Erinnerung bleibt insbesondere die 75. Minute: Eine eher unspektakuläre flache Hereingabe fängt er ab, wird aber vom gegnerischen Stürmer mit dem Knie im Nacken erwischt. Da damals noch keine Auswechslungen erlaubt waren, spielte er trotz großer Schmerzen auch die letzten 15 Minuten tapfer durch und sicherte den 3:1-Erfolg und somit den Pokalgewinn.
3 Tage später brachte eine Röntgenaufnahme Gewissheit über die Schwere der Verletzung: Genickbruch sowie 5 ausgerenkte Halswirbel. Unter schlechteren Umständen hätte diese Verletzung tödlich enden können. Die nächsten 5 Monate verbrachte er in Gips vom Kopf bis zu den Hüften, feierte dennoch später sein Comeback und spielte noch bis 1964 für Manchester City.
Für Trautmann blieb es in dieser Zeit der einzige Mannschaftstitel. An persönlichen Auszeichnungen neben der Wahl zu Englands Fußballer des Jahres 1956 wurde er später in die Hall of Fame sowohl in England als auch in Deutschland aufgenommen, erhielt den Orden des britischen Weltreichs sowie das deutsche Bundesverdienstkreuz und wurde 2007 von den Man-City-Fans zum zweitbesten Spieler Man-Citys aller Zeiten gewählt.