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Seine erfolgreichste Vereinszeit hatte er bei Werder Bremen mit denen er 2 Mal deutscher Meister (1998 und 1993) und 1 Mal DFB-Pokalsieger (1991 gegen den 1.FC Köln, 1:1 n.V., 4:3 im Elfmeterschießen) wurde.
International der größte Erfolg neben dem Weltmeistertitel war der Sieg im Europapokal der Pokalsieger 1992 (2:0 im Finale gegen AS Monaco)
Gemeinsam mit seinem Bruder Thomas spielte der Stürmer lange Jahre für Fortuna Düsseldorf. Mit der Fortuna gewann er 2 Mal den DFB-Pokal (1979 und 1980) und stand 1979 im Finale des Europapokals der Pokalsieger welches erst nach Verlängerung mit 3:4 gegen den FC Barcelona verloren wurde. 1981 wechselte er zum rheinischen Rivalen 1.FC Köln und wurde auch dort Pokalsieger (1:0 gegen Fortuna Köln).
1987 wechselte er nach Frankreich zu Olympique Marseille wo er 1989 nicht nur den Pokal sondern auch die Meisterschaft gewann. Nach einem Jahr bei Girondins Bordeaux wechselte er 1990 für 3 Jahre zu Werder Bremen wo er ebenfalls Meister (1993) und Pokalsieger (1991) wurde und erneut im Finale des Europapokals der Pokalsieger stand welches er mit Werder Bremen auch dank seines Treffers zum 1:0 gewinnen konnte (2:0 gegen AS Monaco).
Später wechselte Klaus Allofs in die Vorstandsetage bei Werder Bremen, dem VfL Wolfsburg und anschliessend Fortuna Düsseldorf.