Mit dem SC Zug feierte er direkt in der ersten Saison den Aufstieg in die erste Liga, wechselte zum Erstligisten FC Aarau und wurde direkt Vizemeister und gewann den Schweizer Cup. Mit den Grashoppers aus Zurück wurde er danach 2 Mal Meister und 2 Mal Pokalsieger.
1991 wechselte er nach Dortmund und wurde auch hier in der ersten Saison direkt überraschend Vize-Meister, punktgleich mit dem Meister VfB Stuttgart aber mit schlechterem Torverhältnis (+30 gegenüber +19). In der Folgesaison führte er den BVB ins UEFA-Pokal-Finale wo sie allerdings sowohl zuhause (1:3) als auch in Turin (0:3) gegen Juventus verloren.
Aber 4 Jahre und 2 deutsche Meistertitel (1995 und 1996) später traf man sich erneut in einem europäischen Pokalfinale wieder, diesmal in der Champions League in München. Nach 2 Toren von Karl-Heinz Riedle erzielte Alessandro Del Piero in der 64. Minute den Anschlußtreffer, aber nur 7 Minuten später endete die Aufholjagd als der gerade eingewechselte Lars Ricken Torhüter Peruzzi überlupfte und zum 3:1-Endstand traf.
Ein Jahr später wechselte Hitzfeld zum FC Bayern mit dem er 4 Mal deutscher Meister (1999, 2000, 2001, 2003) und 2 Mal DFB-Pokalsieger wurde (2000 und 2003). Er stand 2 Mal mit den Münchnern im Finale der Champions League: Nach der unglücklichen Niederlage 1999 gegen Manchester United (1:2 in der Nachspielzeit) gewann er die Champions League 2001 gegen den FC Valencia im Elfmeterschiessen (1:1 nach Verlängerung, 5:4 im Elfmeterschiessen).
Im Februar 2007 kehrte er nach 3-jähriger Pause noch einmal für anderthalb Jahre zum FC Bayern zurück und gewann 2008 das Double.
Anschliessend trainerte er für 6 Jahre die Schweizer Nationalmannschaft. Sie qualifizierten sich für die WM 2010 und schlugen im ersten Spiel den Europameister und späteren Weltmeister Spanien mit 1:0, schieden aber dennoch bereits nach der Vorrunde aus.
Für die EM 2012 konnte man sich nicht qualifizieren, aber bei der WM 2014 in Brasilien war man wieder dabei, überstand die Gruppenphase hinter Frankreich und scheiterte im Achtelfinale erst in der Verlängerung (0:1) am späteren Vize-Weltmeister Argentinien durch ein Tor von Di Maria in der 118. Minute.