In die Gruppenphase startete man mit Auftaktsiegen bei Olympique Lyon (1:0) sowie zuhause gegen den FC Barcelona (2:1) und Fenerbahce Istanbul (2:1). Durch den Sieg in Istanbul (2:1) war das Team dann vorzeitig für die nächste Runde qualifiziert. Hier gab es eine zweite Gruppenphase. Dort zog Bayer dann als Gruppensieger vor Deportivo La Coruna, dem FC Arsenal und Juventus Turin in die KO-Phase ein.
Im Viertelfinale drehte man die 0:1-Niederlage an der Anfield Road zuhause durch ein 4:2. Nach dem FC Liverpool wartete im Halbfinale mit Manchester United der nächste englische Gegner. Durch das 2:2 im Old Trafford reichte im Rückspiel ein 1:1 um aufgrund der Auswärtstorregel in das Finale einzuziehen.
Im Glasgower Hampden Park wartete mit Real Madrid der Sieger von 1998 und 2000, und auch nun hatten die Spanier weiterhin eine schlagkräfigte Mannschaft, u.a. mit Roberto Carlos, Luis Figo, Zinedine Zidane, Raul und Fernando Morientes.
Die frühe 1:0-Führung durch Raul in der 8. Minute konnte Lucio bereits 5 Minuten später ausgleichen. Kurz vor der Pause traf dann aber Zidane mit einem sehenswerten Treffer zum 2:1-Endstand. Für Real Madrid war es bereits der neunte Pokaltriumph im wichtigsten europäischen Wettbewerb während das verlorene Finale für Bayer Leverkusen nach dem zweiten Platz in der Bundesliga und der Niederlage im DFB-Pokalfinale die Geburtsstunde des Begriffs "Vizekusen" wurde.
Auf dem Weg dahin kam es im Achtelfinale erstmals zu einem deutsch-deutschen Aufeinandertreffen im Europapokal. Obwohl die Bayern als klarer Favorit in die Partie gegen Dynamo Dresden gingen, gab es im Hinspiel zuhause nach einem 2:3-Halbzeit-Rückstand nur einen knappen 4:3-Erfolg. Auch im Rückspiel konnten die Dresdner einen Rückstand drehen und führten 3:2. Nur Dank Gerd Müllers Ausgleich zum 3:3 konnten sich die Bayern knapp durchsetzen.
Im Finale trafen sie in Brüssel dann auf Atletico Madrid. Nach torlosen 90 Minuten traf Luis Aragonés in der 114. Minute zum 1:0 für die Spanier. Als die meisten das Spiel schon verloren glaubten, traf Georg "Katsche" Schwarzenbeck mit einem Distanzschuss zum umjubelten Ausgleich und erzwang dadurch ein Wiederholungsspiel 2 Tage später....