Ab 2012 war er dann Trainer der Nachwuchsteams der Hertha ehe er 2014 für 1 Jahr ungarischer Nationaltrainer wurde. Im Februar 2015 wurde er dann auch Trainer der Bundesliga-Mannschaft von Hertha BSC. Er übernahm das Team auf dem vorletzten Platz und sicherte den Klassenerhalt. In den nächsten beiden Jahren konnte sich das Team sogar für die Europa League qualifizieren. Nach 2 weiteren Jahren im Mittelfeld der Liga einigte man sich auf eine Beendigung der Trainertätigkeit im Sommer 2019.
2001 wurde er dann Sportdirektor bei Alemannia Aachen. Durch das Erreichen des DFB-Pokal-Finales 2004 (2:3 gegen Werder Bremen) und der anschließenden Teilnahme am UEFA-Pokal war der damalige Zweitligist erstmals in seiner Geschichte schuldenfrei. 2009 wechselte er als Sportdirektor für 4 Jahre zu Hannover 96 wo man sich 2011 als Viertplatzierter für die Europa League qualifizierte.
Von 2013 bis 2017 war er dann Geschäftsführer Sport beim 1.FC Köln. In dieser Zeit gelang nicht nur 2014 der Aufstieg in die Bundesliga, sondern 2017 die Qualifikation für die Europa League als Fünftplatzierter der Bundesliga. Das Magazin "11 Freunde" zeichnete ihn daraufhin als Manager des Jahres aus.
2018 wurde er dann Geschäftsführer Sport beim VfL Wolfsburg.
1970 beendete er seine Spielerkarriere und wurde danach Trainer. International bekannt wurde er als Nationaltrainer Argentiniens ab 1983. Bei der WM 1986 in Mexiko führte er die Nationalelf zum Weltmeister-Titel durch ein 3:2 im Finale gegen Deutschland. 4 Jahre später standen sich beide Teams erneut im WM-Finale gegenüber, diesmal unterlagen die Argentinier mit 0:1. Nach der WM beendete Bilardo seine Tätigkeit als Nationaltrainer Argentiniens und trainerte später u.a. den FC Sevilla und seinen ehemaligen Klub Estudiantes de La Plata ehe er 2004 seine Trainer-Laufbahn beendete.
Der Weg ins Finale war in dieser ersten Pokalsaison durchaus kurios. So konnte das Spiel der Wanderers in der ersten Runde gegen den FC Harrow Chequers nicht ausgetragen werden wodurch der Gastgeber automatisch die nächste Runde erreichte. Dort setzten sich die Wanderers dann mit 1:0 gegen FC Clapham Rovers durch. In der folgenden dritten Runde gab es gegen FC Crystal Palace ein torloses Remis womit sich beide Mannschaften ohne Wiederholungsspiel für das Halbfinale qualifizierten.... Im Halbfinale gegen Queen’s Park gab es erneut keine Tore und die Schotten konnten zum Wiederholungsspiel nicht anreisen womit sich die Wanderers automatisch für das Finale qualifizierten.
In dem Pokalwettbewerb reichten den Wanderers also in 5 Spielrunden insgesamt nur 2 Treffer um den Pokal zu gewinnen weil die Gegner der ersten Runde sowie des Wiederholungsspiel im Halbfinale nicht antraten sowie nach dem torlosen Remis in der dritten Runde sich beide Teams für das Halbfinale qualifizierten.
Allerdings gewannen die Wanderers in diesem Jahrzehnt noch 4 weitere Mal den FA-Cup: 1873, 1876, 1877 und 1878. Dennoch löste sich der Verein bereits 1887 auf.