Nach den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro wurde Jones Bundestrainerin der Frauennationalmannschaft als Nachfolgerin von Silvia Neid. Sie betreute das Team bei der Fußball-Europameisterschaft der Frauen 2017 in den Niederlanden (1:2-Niederlage im Viertelfinale gegen Dänemark) sowie beim SheBelieves-Cup 2018.
Nach dem Ende ihrer Spielerkarriere wurde sie als Trainerin aktiv. Sie gewann mit dem FCR 2001 Duisburg den DFB-Pokal 2009 (7:0 gegen Turbine Potsdam) und 2010 (1:0 gegen FF USV Jena) sowie 2009 die UEFA Womens Champions League gegen den russischen Swesda 2005 Perm mit 6:0 und 1:1.
2018 wurde sie zunächst im Februar Mitglied im Aufsichtsrat von Fortuna Düsseldorf und dann im April als neue Bundestrainerin der deutschen Frauen-Nationalmannschaft vorgestellt. Mit nur 1 Gegentor führte sie die Nationalelf bei der EM 2022 ins Finale, verlor dort jedoch gegen die Gastgeberinnen aus England mit 1:2 nach Verlängerung.
Später wurde er mit Real Madrid erneut Meister (1989 und 1990) und Pokalsieger (1989) und auch mit Atletico Madrid gewann er 2 Mal den Pokal (1991 und 1992).
Nach je einem Jahr in Nürnberg und Oberhausen wechselte er 1985 nach Bremen zum SV Werder. Mit den Bremern wurde er 1988 Deutscher Meister und stand im DFB-Pokalfinale 1989 (1:4 gegen Borussia Dortmund) und 1990 (2:3 gegen den 1.FC Kaiserslautern).
Nach seiner Profi-Karriere wurde er Kicker im American Football bei Rhein Fire. Mit den Düsseldorfern gewann er 2 Mal den World Bowl (1998 und 2000) und stand 2 weitere Male im Finale (1997 und 2002).