2011 wechselte Manuel Neuer dann zum FC Bayern München. Neben mehreren Deutschen Meistertiteln und DFB-Pokalsiegen bleiben insbesondere die Jahre 2013 und 2020 in Erinnerung als sie neben dem Double auch noch die Champions League, den UEFA Super-Cup und die Klub-WM gewannen.
MIt der U21-Nationalelf wurde er 2009 Europameister (4:0 gegen England) und gab im gleichen Jahr sein Debüt in der A-Nationalmannschaft. Bei der folgenden WM 2010 wurde er als Stammtorwart mit der Nationelf Dritter, bei der folgenden WM 2014 in Brasilien konnten sie dann den WM-Titel holen durch ein 1:0 nach Verlängerung im Finale gegen Argentinien. Er wurde zudem mit dem Goldenen Handschuh als bester Torhüter der WM ausgezeichnet und anschließend auch zu Europas Sportler des Jahres gewählt. Bei der Wahl zum Weltfußballer des Jahres, wo Torhüter normalerweise so gut wie gar nicht berücksichtigt werden, wurde er Dritter hinter Cristiano Ronaldo und Lionel Messi.
Er stand 2 Mal im Finale des Europapokals der Landesmeister, verlor jedoch sowohl 1982 (0:1 gegen Aston Villa) als auch 1987 (1:2 gegen FC Porto).
Sein Debüt für die Deutsche Nationalmannschaft gab er 1987 und gipfelte im Weltmeister-Titel 1990 bei der WM in Italien durch ein 1:0 im Finale gegen Argentinien.