Mit der Borussia wurde er gleich in der ersten Saison Deutscher Meister und stand im Finale des UEFA-Pokals gegen Feyenoord Rotterdam, aber auch sein Anschlußtreffer zum 2:3 konnte die Niederlage nicht verhindern.
Am 12. Spieltag der folgenden Bundesligasaison wurde er vom Kicker in die Elf des Spieltags berufen, allerdings nicht als Torschütze (obwohl er das 1:0 im Spitzenspiel bei den Bayern erzielte), sondern als Torhüter. Nachdem Jens Lehmann in der 67. Minute vom Platz gestellt wurde und das Wechselkontingent bereits erschöpft war, stellte sich Jan Koller ins Tor und hielt seinen Kasten sauber. Zum Sieg reichte es dennoch nicht, da die Bayern zu dem Zeitpunkt bereits mit 2:1 führten.
Nach Stationen unter anderem beim AS Monaco und dem 1.FC Nürnberg beendete er aufgrund von Verletzungsproblemen im Sommer 2011 seine Spielerkarriere.
Für die tschechische Nationalelf schoss er zwischen 1999 bis 2009 in 91 Länderspielen 55 Tore. Der größte Erfolg war das Erreichen des Halbfinals der EM 2004 als man in der Gruppenphase neben Lettland (2:1) auch die Niederlande (3:2) und Deutschland (2:1) schlagen konnte. Nach dem Viertelfinalsieg gegen Dänemark (3:0) musste man sich dann im Halbfinale dem späteren Europameister Griechenland (1:0 nach Silver Goal) geschlagen geben.
Neben den Mannschaftstitel wurde er außerdem 1999 zu Tschechiens Fußballer des Jahres und 2000 zu Belgiens Fußballer des Jahres gewählt.
Anschließend blieb er in England bei Manchester United und wurde gleich im ersten Jahr Englischer Meister. Dennoch wechselte er bereits 2 Jahre später zu Benfica Lissabon und 2001 für 1 Jahr zu Lazio Rom. 2002 kehrte er nach Prag zurück, dieses Mal zu Sparta, und wurde 2003 und 2005 erneut tschechischer Meister.
Für die Nationalelf lief er insgesamt 118 Mal auf wobei er im August 2004 der erste tschechische Spieler war der in 100 Länderspielen eingesetzt wurde.