Die Frauenfußballabteilung des MSV Duisburg besteht seit dem 1. Januar 2014 durch die Übernahme der Spielrechte des insolventen FCR 2001 Duisburg. Die erste Mannschaft spielt seit dem Aufstieg im Jahre 2016 in der Bundesliga.
Die Wurzeln des FCR 2001 Duisburg liegen beim am 9. Januar 1955 gegründeten FC Rumeln-Kaldenhausen, der im Jahre 1977 eine Frauenmannschaft gründete. Diese stieg 1990 in die seinerzeit zweitklassige Regionalliga West und drei Jahre später in die Bundesliga auf. Während der Saison 1997/98 benannte sich der Verein in FCR Duisburg 55 um. 1998 gewann der Verein den DFB-Pokal und zwei Jahre später die Meisterschaft. Am 8. Juni 2001 machte sich die Frauenfußballabteilung des FCR als FCR 2001 Duisburg selbständig.
In den Jahren 2009 und 2010 gewann der Verein erneut den DFB-Pokal. Größter Erfolg der „Löwinnen“ war der Gewinn des UEFA Women’s Champions League 2009 gegen den russischen Verein Swesda 2005 Perm. Am 23. Januar 2013 musste der Verein beim Amtsgericht Duisburg Insolvenz beantragen. Zur Sicherung des Spielbetriebes wurden Zusammenschlüsse mit dem MSV Duisburg und dem VfB Homberg, mit dem man sich das PCC-Stadion teilte, in Betracht gezogen.