Der Verein wurde 1929 unter dem Namen Turnverein Lotte gegründet und beschränkte sich zunächst ausschließlich auf das Turnen. Nach der Neugründung des Vereins unter dem Namen VfL Sportfreunde Lotte am 9. Februar 1946 wurden neben dem Turnen auch Abteilungen für Fußball und Handball eingerichtet.
Nachdem die Fußballer über viele Jahre in der Spitzengruppe der Verbandsliga spielten, gelang mit der Verbandsliga-Meisterschaft in der Saison 2003/04 der Aufstieg in die Oberliga Westfalen. In der Saison 2007/08 erreichte man dort den vierten Platz und qualifizierte sich somit für die neue dreigleisige Regionalliga.
Am Ende der Saison 2012/13 wurden die Sportfreunde Meister der Regionalliga West und sicherten sich damit die Teilnahme an der Aufstiegsrunde zur 3. Fußball-Liga, in der sie in zwei Spielen gegen den Nordost-Meister RB Leipzig antraten. Das Auswärtsspiel ging 0:2 verloren, daheim führten die Sportfreunde nach 90 Minuten mit 2:0, scheiterten dann aber in der Verlängerung (2:2) und verfehlten damit den Aufstieg in die 3. Liga. In den folgenden Saisons spielten die Sportfreunde Lotte zwar vorne mit (2. Platz 2013/14, 6. Platz 2014/15), verpassten aber eine neuerliche Qualifikation für die Aufstiegsrunde. Diese wurde jedoch am Ende der Saison 2015/16 erneut erreicht. Die Sportfreunde Lotte wurden mit 83 Punkten erneut Meister in der Regionalliga West. In der Aufstiegsrelegation zur 3. Liga setzen sich die Sportfreunde gegen Waldhof Mannheim, den Meister der Regionalliga Südwest, mit 2:0 nach Hin- und Rückspiel durch und stiegen zum ersten Mal in die 3. Liga auf.
